细胞内抗原的检测过程与细胞表面抗原检测过程基本一致，只是在与一抗孵育前，需要预先对细胞用非离子去污剂进行透化处理。

操作方法

1. 取已固定好的细胞爬片或甩片或经过预处理的组织切片（石蜡或冰冻切片）；

2. 用含0.2%TritonX-100或NP-40的PBS溶液透化固定后的细胞2min（室温），有些标本可能需要长达15min，时间视抗原而定；

3. 余下步骤接上述“细胞表面抗原的检测-间接免疫荧光法"步骤（2）；

注意事项

1. 在使用前，一抗二抗均应测试其合适的稀释度。

2. 多聚甲醛的固定是不稳定的，标本经多聚甲醛固定后，应再用去污剂处理，如果标本在水溶液中浸泡的时间过长，则会使交联结构解体。因此，应避免固定后的标本在水溶液中浸泡的时间过长。

3. 信号微弱的解决方法：

① 提高一抗和二抗的浓度以增强敏感性 ，这必须测试各种浓度抗体的滴度；

② 延长一抗和二抗的孵育时间。由于细胞染色时抗原吸附在固相载体上，抗原抗体结合时间较在溶液中长。孵育时间可因实验设计作适当调整，但少于20min抗体和抗原几乎不能有效结合。在以上两点中，应摸索出一个*条件以产生有效信号且保持良好的背景。这就需要反复试验，因为每组抗体和抗原的情况会有所不同；

③ 改变检测方法，用共聚焦显微镜观察，可提高敏感性。