染色质免疫沉淀（ChIP）是研究蛋白质-DNA相互作用的一项强大技术，广泛用于多个领域的染色质相关蛋白的研究（如组蛋白及其异构体，转录因子等），特别适用于已知启动子序列或整个基因位点的组蛋白修饰分析研究。这项技术采用特定抗体来富集存在组蛋白修饰或者转录调控的DNA片段，通过多种下游检测技术（定量PCR，芯片，测序等）来检测此富集片段的DNA序列。

ChIP技术自诞生之后，已成功的应用于人或动物细胞和组织 [1] 、植物组织 [2] 、酵母 [3] 以及细菌、质粒 [4] 。由于在信号转导和表观遗传研究中的突出作用，ChIP在肿瘤 [5-7] 、神经科学 [8-10] 、植物发育[11-13] 等领域中应用非常广泛，同时有关细胞凋亡 [14] 、雌激素信号转导 [15] 、胰岛素抵抗 [16] 、组织发育[1] 的文献中也用到ChIP。

目前，zui常见的有以下两种ChIP实验技术：

1.    nChIP：用来研究DNA及高结合力蛋白，采用微球菌核酸酶（micrococcal nuclease）消化染色质，然后进行片段富集及后续分析，适用于组蛋白及其异构体，例如 [17-19] ；

2.    xChIP：用来研究DNA及低结合力蛋白，采用甲醛或紫外线进行DNA和蛋白交联，超声波片段化染色质，然后进行片段富集及后续分析，适用于多数非组蛋白的蛋白，例如 [9, 15, 20] 。

X-ChIP试验的一般过程

以上两种方法在分离DNA-蛋白质复合物之后，对DNA进行PCR扩增，验证目标序列的存在。除验证实验外，ChIP DNA也可以进行测序分析，这种方法被称为ChIP-seq [22] ；也可做芯片分析，这种方法被称为ChIP on CHIP或ChIP-CHIP[23] 。这两种方法都可用于分析感兴趣蛋白结合的未知序列，而不需要知道目标序列的详细信息，因此可以进行探索性的研究。当需要对DNA结合的蛋白复合物（两个或两个以上蛋白共同结合在DNA上）进行研究时，可以采用reChIP技术对DNA蛋白复合物进行再次富集，从而分析两种蛋白同时结合的DNA片段，例如转录调控因子及其受体复合物 [24]。细胞

相比其他DNA与蛋白相互作用的研究工具，ChIP的突出优势在于通过检测蛋白(in vivo)与DNA的物理结合，研究体内真实情况下的染色质结构，因此得出确凿的诱导或阻碍转录的证据，这对构架信号调控网络至关重要。同时，通过此工具也可以区分转录调控的直接作用和非直接作用 [21] ，从而使研究者对转录调控过程有更而深刻的认识。